? SNP
單核苷酸多態(tài)性主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。它是人類可遺傳的變異中最常見的一種，占所有已知多態(tài)性的90%以上。SNP在人類基因組中廣泛存在，平均每300個堿基對中就有1個，估計其總數(shù)可達(dá)300萬個甚至更多。SNP是一種二態(tài)的標(biāo)記，由單個堿基的轉(zhuǎn)換或顛換所引起，也可由堿基的插入或缺失所致。SNP既可能在基因序列內(nèi)，也可能在基因以外的非編碼序列上。
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?實驗介紹
taqman探針法：針對染色體上的不同SNP位點分別設(shè)計PCR引物和TaqMan探針，進(jìn)行實時熒光PCR擴(kuò)增。探針的5’-端和3’-端分別標(biāo)記一個報告熒光基團(tuán)和一個淬滅熒光基團(tuán)。當(dāng)溶液中存在PCR產(chǎn)物時，該探針與模板退火，即產(chǎn)生了適合于核酸外切酶活性的底物，從而將探針5’-端連接的熒光分子從探針上切割下來，破壞兩熒光分子間的PRET，發(fā)出熒光。通常用于少量SNP位點分析。
高分辨率熔解曲線分析（HRM）是近幾年興起的SNP研究工具，它通過實時監(jiān)測升溫過程中雙鏈DNA熒光染料與PCR擴(kuò)增產(chǎn)物的結(jié)合情況，來判斷是否存在SNP，而且不同SNP位點、是否是雜合子等都會影響熔解曲線的峰形，因此HRM分析能夠有效區(qū)分不同SNP位點與不同基因型。這種檢測方法不受突變堿基位點與類型的局限，無需序列特異性探針，在PCR結(jié)束后直接運(yùn)行高分辨率熔解，即可完成對樣品基因型的分析。該方法無需設(shè)計探針，操作簡便、快速，成本低，結(jié)果準(zhǔn)確，并且實現(xiàn)了真正的閉管操作。
圖：某基因的SNP（G>A）進(jìn)行HRM分析的結(jié)果。左圖為熔解曲線，右圖為差異圖
SNaPshot法：是基于熒光標(biāo)記單堿基延伸原理的分型技術(shù)，也稱小測序，主要針對中等通量的SNP分型項目。在一個含有測序酶、四種熒光標(biāo)記ddNTP、緊臨多態(tài)位點5’-端的不同長度延伸引物和PCR產(chǎn)物模板的反應(yīng)體系中，引物延伸一個堿基即終止，經(jīng)ABI測序儀檢測后，根據(jù)峰的移動位置確定該延伸產(chǎn)物對應(yīng)的SNP位點，根據(jù)峰的顏色可得知摻入的堿基種類，從而確定該樣本的基因型。對于PCR產(chǎn)物模板可通過多重PCR反應(yīng)體系來獲得。通常用于10-30個SNP位點分析（見下圖）。
直接測序法：在所有SNP的檢測方法中，對待檢測片段進(jìn)行直接擴(kuò)增、測序是最為準(zhǔn)確的方法，也是SNP分析的金標(biāo)準(zhǔn)。純合型SNP位點的測序峰為單一峰型，而雜合型SNP位點的測序峰為套峰，因而很容易將其區(qū)分開來。通過直接測序方法進(jìn)行SNP檢測的檢出率接近100%。該技術(shù)主要通過直接測序的方法來確定位點的基因型，這種分型方法準(zhǔn)確性最高，但費用大。如果需要檢測的幾個SNP位點正好位于一個測序單元內(nèi)(長度小于700bp)，則單個位點的分型費用可顯著降低，這種分型技術(shù)不失為一種良好選擇。對于準(zhǔn)確性要求特別高或樣本量特別小(幾個或幾十個)的項目，這種分型技術(shù)很適合。
【實驗流程】
探針匹配：可以收集熒光；
探針不匹配：不能收集熒光。
案例展示
送檢與交付標(biāo)準(zhǔn)
| 樣品類型 | 樣品需求 | 保存條件 | 運(yùn)輸條件 | 備注 |
|---|---|---|---|---|
| 動物組織 | 單個樣品>0.1g，2mlEP管或凍存管裝，不要過量；樣本應(yīng)盡量新鮮，如不能立即提取蛋白或核酸，應(yīng)液氮速凍后凍存于-80℃或更低，凍存樣本避免反復(fù)凍融以致降解 | -80℃ | 干冰 | 所有樣本均須有唯一標(biāo)記，且標(biāo)記清晰可識 |
| 種子樣本 | 去殼新鮮或保存于液氮中的的種子樣本，單個樣品>0.2g。 | -80℃ | 干冰 | |
| 貼壁/懸浮細(xì)胞 | 1. 總RNA或蛋白：106cell/指標(biāo)、漿/核RNA或蛋白：107cell/指標(biāo)、線粒體RNA或蛋白：2*107 cell/指標(biāo)，樣本盡量新鮮，細(xì)胞收取后直接加Trizol（QPCR檢測）或直接凍存于-80℃ 2. 若細(xì)胞處理（加藥、轉(zhuǎn)染、感染）后狀態(tài)差應(yīng)酌情加大收樣量 | -80℃ | 干冰 | |
| 全血/血清樣品 | 用抗凝管保存的外周血 5~10ml，骨髓 1~3ml； -80℃保存不超半周的白細(xì)胞勻漿>400μl，每 400μl 加入 400μl Trizol。 | -80℃ | 干冰 | |
| 石蠟包埋樣品 | 由標(biāo)準(zhǔn)的石蠟包埋盒包埋的石蠟塊，有效厚度大于 0.1cm； 新鮮的 FFPE 組織切片，每片厚度不超過 10μm，2~8 張，表面積不超過 250mm2。 | -20℃ | 冰袋 | |
| 抗體 | 1. 按樣本種屬提供滿足相應(yīng)實驗要求的抗體； 2. 按抗體說明書要求寄送，盡量避免分裝；如分裝，確保量足夠進(jìn)行實驗，并提供抗體說明書。 3.保存抗體的抗體管上應(yīng)有能夠識別此抗體的標(biāo)記，抗體的量應(yīng)大于實驗所需的量。 | -20℃ | 冰袋 | |
| 引物 | 干粉，≥1OD，如進(jìn)行預(yù)實驗，每個基因至少提供兩對引物， 附帶公司引物合成單。 | -20℃ | 冰袋或常溫 |
電話：400-691-6686
在線時間：8:00-24:00
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湘公網(wǎng)安備