Dot blot斑點雜交實驗原理與方法【Dot Blot外包】
來源/作者:普拉特澤-生物醫(yī)學(xué)整體課題外包平臺
大家好!今天普拉特澤生物繼續(xù)跟大家一起學(xué)習(xí)新的實驗——Dot Blot斑點雜交實驗。Dot Blot斑點雜交是指將待測的DNA變性后點加在硝酸纖維素膜(或尼龍膜、NC膜)上,用已標(biāo)記的探針進(jìn)行雜交,洗膜(除去未接合的探針),放射自顯影,判斷是否有雜交及其雜交強(qiáng)度,主要用于基因缺失或拷貝數(shù)改變的檢測。
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斑點雜交(Dot blot)是將被檢標(biāo)本點到膜上,烘烤固定。這種方法耗時短,可做半定量分析。一張膜上可同時檢測多個樣品,為使點樣準(zhǔn)確方便,市售有多種多管吸印儀(Manifold),如MinifoldⅠ和Ⅱ、Smart Blotter(Wealtec)、Bio-Dot(Bio-Rad)和Hybri-Dot,它們有許多孔,樣品加到孔中,在負(fù)壓下就會流到膜上呈斑點狀或狹縫狀。反復(fù)沖洗進(jìn)樣孔,取出膜烤干或紫外線照射以固定標(biāo)本,這時的膜就可以進(jìn)行雜交。
Dot blot斑點雜交實驗可分為DNA、RNA和完整細(xì)胞的斑點雜交三類,三種方法各有不同。
1、DNA斑點雜交方法介紹
(1)先將膜在水中浸濕,再放到15×SSC中。
(2)將DNA樣品溶于水或TE,煮沸5 min,冰中速冷。
(3)用鉛筆在濾膜上標(biāo)好位置,將DNA點樣于膜上,每個樣品一般點5μl(2~10μg DNA)。
(4)將膜烘干,密封保存?zhèn)溆谩?/span>
2、RNA斑點雜交方法介紹
RNA斑點雜交法與DNA斑點雜交方法類似,每個樣品至多加10μg總RNA(經(jīng)酚/氯仿或異硫氰酸胍提取純化),方法是將RNA溶于5μl 焦碳酸二乙酯(DEPC)水,加5μl 甲醛/SSC緩沖液(10×SSC中含6.15mol/L甲醛),使RNA變性,然后取5-8μl點樣于處理好的濾膜上,烘干。
3、完整細(xì)胞斑點雜交方法
應(yīng)用類似檢測細(xì)菌菌落的方法,可以對細(xì)胞培養(yǎng)物的特異序列進(jìn)行快速檢測,將整個細(xì)胞點到膜上,經(jīng)NaOH處理,使DNA暴露、變性和固定,再按常規(guī)方法進(jìn)行雜交與檢測。有人曾用此法從105個培養(yǎng)細(xì)胞中檢測到至少5pg的Epstein-Barr病毒DNA。完整細(xì)胞斑點印跡法可以用于篩選大量標(biāo)本,因為它使細(xì)胞直接在膜上溶解,所以DNA含量甚至比常用的提取法還高,又不影響與32P標(biāo)記的探針雜交,但它不適用于非放射性標(biāo)記探針,因為DNA純度不夠,會產(chǎn)生高本底。
Dot blot斑點雜交實驗法簡單實用,適用于大樣本數(shù)同時進(jìn)行檢測,但是由于同一斑點位置,除了目標(biāo)核酸分子外,還存在其他成千上萬種不同的核酸分子,而這些核酸分子有可能會與探針分子部分結(jié)合,促進(jìn)探針分子與目標(biāo)核酸分子的結(jié)合,可能導(dǎo)致陽性結(jié)果放大甚至是假陽性結(jié)果,分析檢測結(jié)果是要結(jié)合實際考慮到這一點。
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