譯:circRNAome分析顯示,circFgfr2通過一個反饋回路調(diào)節(jié)肌肉生成和肌肉再生
Journal of Cachexia Sarcopenia and Muscle
10.1002/jcsm.12859
名詞解釋
成纖維細胞生長因子受體2(FGFR 2):具有抑制成肌細胞增殖、促進分化和骨骼肌再生的作用。
絲裂原活化蛋白激酶20(Map3k20):是MAPK級聯(lián)反應的主要成分,可調(diào)節(jié)許多生物過程,如生長,發(fā)育和各種環(huán)境脅迫。Map3k20是調(diào)控JNK/MAPK信號通路的上游因子之一;
JNK/MAPK信號通路:JNK又被稱為應激活化蛋白激酶(stress-activated protein kinase, SAPK),是哺乳類細胞中MAPK(Mitogen-activated Protein Kinase,絲裂原活化蛋白激酶)信號通路的另一亞類。MAPK-JNK通路可由各種不同環(huán)境應激、炎癥細胞因子、生長因子以及CPCR激動劑激活。應激反應信號經(jīng)RHO家族的小分子GTP酶傳遞到這個級聯(lián)。JNK轉(zhuǎn)運入胞核后可調(diào)節(jié)多種轉(zhuǎn)錄因子的活性,進而介導JUN,ELK1,P53等的轉(zhuǎn)錄活化,它們在細胞周期、生殖、凋亡和細胞應激等多種生理和病理過程中起重要作用。
本文結(jié)論
在結(jié)論上,作者發(fā)現(xiàn)了:
CircFgfr2的功能和機理分析揭示了一種由環(huán)狀RNA介導的調(diào)節(jié)肌發(fā)生和肌肉再生的自調(diào)控反饋環(huán),為進一步了解其調(diào)控機制提供了新的思路。
在機制上,作者發(fā)現(xiàn)了:
FGFR 2基因產(chǎn)生了一種保守的環(huán)狀RNA——CircFgfr2,它是miR-133的海綿,調(diào)節(jié)絲裂原活化蛋白激酶20(Map3k20)基因和JNK/MAPK通路。重要的是,轉(zhuǎn)錄因子Kruppel樣因子4(Klf 4)是JNK/MAPK通路的下游靶點,通過miR-133/Map3k20/JNK/Klf 4自調(diào)控反饋環(huán)直接結(jié)合到CircFgfr2啟動子上,影響轉(zhuǎn)錄因子Kruppel樣因子4(Klf 4)的表達。RNA結(jié)合蛋白G3BP應激顆粒組裝因子1(G3BP1)抑制CircFgfr2的生物發(fā)生。
在研究意義上,作者認為:
作者提出了一種由circFgfr2介導的肌生成調(diào)控模型,該模型由Klf 4調(diào)控,作為miR-133的誘餌,以減輕其對Map3k20的抑制作用,激活JNK/MAPK信號通路。JNK信號的激活抑制Klf 4的轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)活化活性,最終在肌發(fā)生和肌肉再生過程中形成一個自我調(diào)節(jié)的反饋環(huán)。該研究不僅為闡明豬產(chǎn)肉性狀形成遺傳基礎提供新理論,為分子育種提供新的候選基因,也對人類肌肉相關疾病研究具有重要價值。
研究方法
采用鏈特異性RNA序列分析(RNA-seq)和微陣列數(shù)據(jù)對骨骼肌發(fā)育和肌源性分化過程中的動態(tài)環(huán)狀RNA情況進行了分析。利用生物信息學分析方法對環(huán)狀RNA體進行了表征,并確定了與肌細胞發(fā)生相關的候選基因。用大體積法和單細胞RNA-seq法鑒定了CircFgfr2的下游基因和途徑。
采用離體或體內(nèi)Rt-qPCR,Western blotting,雙熒光素酶活性測定,RIP-qPCR,原位雜交,染色質(zhì)免疫沉淀等,以原代成肌細胞、C2C12細胞和動物模型為基礎,探討了circFgfr2在肌發(fā)生和肌肉再生中的作用和機制。
過一下這篇文章的結(jié)果
1、27個發(fā)育階段骨骼肌環(huán)狀RNA分析
(一句話,作者先從茫茫人海中尋找那個對的circRNA。)同時還有作者想表明這個研究也可以延伸到人~,可惜沒辦法直接研究人呀)
為了描述骨骼肌的環(huán)狀RNA圖譜,作者分析了一個廣泛的RNA序列(RNA-seq)數(shù)據(jù)集(GSE 157044),該數(shù)據(jù)集涵蓋了骨骼肌的27個發(fā)育階段,總共注釋了104896個環(huán)狀RNA,其中至少包含2個獨特的背剪接讀碼。在至少五個不同的樣本中檢測到CircRNAs是穩(wěn)健表達的,因此總共有52918個用于下游分析的高置信度環(huán)狀RNA。為了驗證這些RNA的可靠性,選擇了45份,采用不同引物的逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(RT-PCR)對其進行了鑒定。45例患者中有43例(95.56%)檢測到BSJ,Sanger測序證實為BSJ。Rnase R處理的總RNA的RT-PCR結(jié)果表明,這些rnase R處理的RNA具有抗消化能力,驗證了環(huán)狀RNA的循環(huán)性。
大多數(shù)環(huán)狀RNA位于外顯子(46 549),其次是內(nèi)含子(4759)、基因間(1155)和反義(455)。圖形1C)。與在CircAltas數(shù)據(jù)庫中報道的已知的豬環(huán)狀RNA相比,發(fā)現(xiàn)41.12%(21761/52918)已鑒定的環(huán)狀RNA是新發(fā)現(xiàn)的,這大大擴展了豬的環(huán)狀RNA種類。圖形 1D, 表 S3)。性狀分析表明,外顯子環(huán)狀RNA的中位外顯子數(shù)目和長度為4。圖形 1E)和581 bp(圖形 1F)分別與以前關于豬的報道相似。同時,72.76%(5312/7301)的寄主基因能產(chǎn)生至少2個轉(zhuǎn)錄因子。圖形 S2A)。雖然大多數(shù)cRNA的表達僅限于樣本的一個子集,但作者觀察到了crna的一個子集(n在骨骼肌中廣泛表達(至少在80%的樣本中)圖形 S2B)。注意到環(huán)狀RNA基因體的甲基化水平高于鄰近區(qū)域。有趣的是,在BSJ站點周圍觀察到明顯的甲基化(數(shù)字 1g和S3)。隨后分別鑒定了豬與人之間以及豬與小鼠之間的12677和4792保守的環(huán)狀RNA。其中,2916個環(huán)狀RNA在豬、人和小鼠(表 S2)。
圖1:豬骨骼肌環(huán)狀RNA的鑒定及特性研究
2、環(huán)狀RNA在骨骼肌發(fā)育過程中的動態(tài)時間調(diào)控
(這是在暗示,你的長大離不開中這個環(huán)狀RNA,好跟你講環(huán)狀RNA和發(fā)育生長的故事~)
鑒定了9848-19506個circRNA在每個骨骼肌中的表達,其中產(chǎn)前表達的circRNA比出生后的多。圖形 2A)?;赾ircRNA表達的聚類分析清楚地將骨骼肌標本分為產(chǎn)前和產(chǎn)后兩組(圖形 S4)。主成分分析(PCA)顯示,在骨骼肌發(fā)育過程中,從胚胎階段到成體階段,環(huán)狀RNA的表達具有高度的發(fā)育依賴性。圖形 2B)。這些結(jié)果表明,在骨骼肌發(fā)育過程中,環(huán)狀RNA是以時間依賴的方式動態(tài)表達的。
為了檢測骨骼肌發(fā)育過程中受到時間調(diào)節(jié)的circRNA,在任何兩個階段(Log)共鑒定了7198個差異表達的ccRNAs(Decs)。2FC≥1和FDR≤0.0 5;表 S4,占所有表達的crcRNA的13.60%(7198/52918)。圖形 2C)。與外顯子非dc相比,外顯子decs有更短的轉(zhuǎn)錄本長度(圖形 二維空間)和較低的外顯子數(shù)(圖形 2E)。隨后,進行了wgcna共表達網(wǎng)絡分析。重點關注這些DES,并揭示了七個不同的共表達模塊(m1-M7;表 S4)。三組細胞(M2、M3和M6)在骨骼肌發(fā)育過程中表現(xiàn)出動態(tài)的時間表達。圖形 2F)。在產(chǎn)前階段,M2和M3簇中的環(huán)狀RNA大量表達。隨著骨骼肌的發(fā)育,M2區(qū)轉(zhuǎn)錄因子的表達逐漸增加,而M3區(qū)的表達逐漸下降?;虮倔w論(GO)富集分析表明,M2中的宿主基因被富集為與細胞定位和增殖相關的GO類。圖形 2G)。M3宿主基因在胚胎形態(tài)發(fā)生、神經(jīng)系統(tǒng)發(fā)育和細胞分化過程中起重要作用。圖形 2H)。M6主要表達于生后階段,在生后骨骼肌發(fā)育過程中表達上調(diào)。
圖2:環(huán)狀RNA在豬骨骼肌發(fā)育過程中的動態(tài)表達
3、CircFgfr2高度保守,是骨骼肌發(fā)育的候選調(diào)節(jié)因子
(藏得這么深,還不是被我發(fā)現(xiàn)了,CircFgfr2)
為了進一步鑒定可能參與心肌發(fā)生的環(huán)狀RNA,對在生長培養(yǎng)基(GM)和分化培養(yǎng)基(DM)中培養(yǎng)的小鼠C2C12成肌細胞進行了微陣列分析。與在gm中培養(yǎng)的成肌細胞相比,在dm中培養(yǎng)的成肌細胞中有66個cRNA表達上調(diào)(Log)。2FC≥1和FDR≤0.0 5;圖形 3A和表 S5)。利用發(fā)散引物rt-qPCR成功地驗證了6個上調(diào)的環(huán)狀RNA。圖形 3B),表明這些DES對進一步的分析是可靠的。在66個環(huán)狀RNA中,6個與豬環(huán)狀RNA相同,包括4個在豬骨骼肌發(fā)育過程中差異表達的環(huán)狀RNA(CircFgfr2、CircQrich1、CircMettl9和CircCamta 1),表明這些環(huán)狀RNA可能以保守的方式調(diào)控哺乳動物骨骼肌的發(fā)育。
在這四個保守的DECs中,CircFgfr2引起了作者的興趣。成纖維細胞生長因子受體2(FGFR 2)的宿主基因?qū)趋兰〉木S持和修復至關重要。CircFgfr2是由小鼠線性序列外顯子3-6生成的穩(wěn)定的外顯子環(huán)狀RNA。Sanger測序驗證了環(huán)狀Fgfr2的BSJ序列。圖形 3C),rnase R處理RNA中crcFgfr2的RT-PCR結(jié)果表明,crcFgfr2具有抗消化能力,具有閉環(huán)結(jié)構(gòu)。圖形 三維空間)。保守性分析表明,環(huán)狀Fgfr2的BSJ序列在人類、小鼠、豬和雞中高度保守。圖形 S5).
作者研究了幾種肌發(fā)生系統(tǒng)的時間表達模式。在新生期小鼠TA肌中具有豐富的CircFgfr2表達,在出生后發(fā)育過程中其表達水平明顯下降(P<0.01)。圖形 3E)。在C2C12細胞分化過程中,cycFgfr2的表達在分化后的前4天呈時間依賴性增加。圖形 3F)。同時,利用建立的CTX誘導的骨骼肌損傷和再生模型。圖形 S6),作者發(fā)現(xiàn)在傷后的前2天,cycFgfr2的表達明顯增強,隨后下降。圖形 第三代)。然而,CircFgfr2的時間表達模式與FGFR 2的表達模式無關。圖形 S7)。同時,rt-qPCR分析顯示crcFgfr2在快速抽搐的股四頭肌中富集,而不是在緩慢抽搐的比目魚肌中富集。圖形 3H),提示不同纖維類型的骨骼肌cycFgfr2的差異表達可能取決于它們的代謝狀態(tài)?;贔ISH和染色質(zhì)分餾實驗的亞細胞定位分析表明,CircFgfr2主要分布在細胞質(zhì)中。圖形 3I-3K)。綜上所述,這些數(shù)據(jù)表明crcFgfr2是一種潛在的調(diào)節(jié)肌發(fā)生和肌肉再生的周期RNA。
圖3. CircFgfr2高度保守,是骨骼肌發(fā)育的候選調(diào)節(jié)因子
4、CircFgfr2抑制成肌細胞增殖,促進成肌細胞分化和肌肉再生
(沒錯,它就是讓你變強壯的小可愛)
為了探討circFgfr2在小鼠成肌過程中的作用,作者首先研究了CircFgfr2是否影響小鼠成肌細胞的增殖和分化。轉(zhuǎn)染小鼠原代成肌細胞cycFgfr2-過表達載體和siRNAs。過表達載體(plCDH-CircFgfr2)和三種siRNAs(si-cycFgfr2-1,-2和-3)均能有效地改變cycFgfr2(圖形 S8),對線性的表達沒有顯著影響。FGFR 2MRNA(圖形 S8c和S8F)。在這三種siRNAs中,si-CircFgfr2-1的干擾效率最高,并被選擇用于后續(xù)分析。圖形 S8E)。
在小鼠原代成肌細胞和C2C12成肌細胞中,乙炔基-2‘-脫氧尿苷(EDU)摻入法和CCK-8法均顯示過表達過表達的cycFgfr2可降低細胞增殖活性。數(shù)字 4A, 4B,和中9),在擊倒CircFgfr2之后,觀察到了相反的效果。圖形 中9)。CycFgfr2的過表達在mRNA和蛋白水平上均顯著降低了增殖標記物的表達。圖形 4C和4D),而crcFgf 2的基因敲除顯著上調(diào)了這些基因的表達(圖形 S9G和S9H)。細胞周期分析顯示,過表達的cyclcFgfr2增加了G0/G1期的細胞數(shù),減少了進入S期的細胞數(shù)(圖形 4E和4F),在Fgfr2擊倒后觀察到相反的效果。圖形 S9I和S9J)。同時,cycFgfr2的過表達促進了肌原性分化,表現(xiàn)為mhc 1、myoD和myogenin在兩種mRNA上的表達增加。圖形 4G)和蛋白質(zhì)水平(圖形 4H),免疫熒光檢測證實crcFgfr2的過表達促進了MyHC的表達。圖形 4I)和肌管的形成。定量分析結(jié)果表明,與對照組相比,crcFgfr2高表達組出現(xiàn)的肌管較多,有多個肌核。圖形 4J)。相反,F(xiàn)gfr2基因敲除后,成肌細胞分化受到明顯抑制。圖形 S9K–S9N)。
鑒于CircFgfr2參與了心肌的發(fā)生(圖形 3E-3G),作者假設CircFgfr2也在肌肉再生中起作用體內(nèi)。為驗證這一結(jié)論,給C57BL/6小鼠的TA肌肉注射腺病毒介導的CircFgfr2-過表達載體(AAV-CircFgfr2-OV)和對照組(AAV-CircFgfr2-NC)。正如預期的那樣,28天后與對照組相比,CircFgfr2的表達顯著上調(diào)(P<0.05)。數(shù)字 4K和S10A–S10c)。隨后,CTX在同一地點肌肉注射(圖形 4K第3天,HE和免疫熒光染色顯示AAV-CircFgfr2-OV小鼠肝纖維化/壞死明顯減少(圖形 S10D)。AAV-CircFgfr2-OV抑制損傷區(qū)單核細胞的積累。圖形 S10D)。同時,作者觀察到AAV-CircFgfr2-OV組MyoD和Pax7的表達明顯高于AAV-CircFgfr2-NC組(P < 0.05; 圖形 S10E–S10G)。注射CTX 5天后,如預期的那樣,形成了新的含有中央核的肌纖維來修復受損的纖維(數(shù)字 4L和S6)。與AAV-CircFgfr2-NC組相比,AAV-CircFgfr2-OV可上調(diào)TA肌肉中肌原素的表達,并能刺激CTX注射后5天內(nèi)新肌纖維的生長。圖形 4K和4m)。AAV-CircFgfr2-OV處理的肌肉肌纖維大小增加,而對照組肌肉中仍存在豐富的單核細胞。數(shù)字 4N和S10H)。AAV-CircFgfr2-OV組新生肌纖維的橫截面積明顯大于對照組。圖形 4O)。綜上所述,這些結(jié)果提示環(huán)狀Fgfr2抑制成肌細胞的增殖,促進成肌細胞的分化和肌肉再生。
圖4.CrcFgfr2抑制成肌細胞增殖,促進成肌細胞分化和肌肉再生
5、CircFgfr2通過海綿miR-133調(diào)節(jié)map3k20
(CircFgfr2牽起miR-133的手,告訴map3k20你可以放肆生長)
為了確定cyclcFgfr2在肌發(fā)生和肌肉再生中的調(diào)節(jié)機制,作者首先評估了在轉(zhuǎn)錄本中具有潛在結(jié)合位點的miRNAs,以及TargetScan預測的16個miRNAs。35和miRDB36節(jié)目。用熒光素酶報告法對16種miRNA模擬表達的HEK293T細胞進行了熒光素酶報告試驗,驗證了它們之間的相互作用。作者發(fā)現(xiàn),三個miR-133家族成員(miR-133 a-3p、133 b-3p和133 c)是顯著降低熒光素酶強度的前三位miRNAs。圖形 5A和5C),雖然它們沒有抑制突變的miR-133結(jié)合位點的記者的熒光素酶活性(圖形 5B和5C)。同時,miR-133的過表達顯著降低了CircFgfr2的表達。圖形 5D),過表達的cycFgfr2顯著降低miR-133的豐度(圖形 5E)。接下來,作者進行了基于RISC的核心蛋白Argonaute-2(Ago 2)的RIP,然后用RT-qPCR來檢測Ago2是否能降低C2C12細胞的CircFgfr2和miR-133。正如預期的那樣,在Ago 2拉下樣本中,CircFgfr2和miR-133有顯著的富集(圖形 5F),提示cycFgfr2通過Ago 2蛋白與miR-133密切相互作用。此外,miR-133的過表達還能有效地提高cycFgfr2過表達對成肌細胞增殖的抑制作用。圖形 5G),干擾miR-133模擬物可抑制crfgfr2基因敲除對成肌細胞增殖的促進作用。圖形 5H)。這些發(fā)現(xiàn)有力地表明,CircFgfr2是miR-133家族成員的直接靶點。
然后,作者探討了miR-133家族和CircFgfr2調(diào)控心肌發(fā)生的機制。Map3k20是TargetScan預測的miR-133家族成員的目標。35和miRDB36節(jié)目(圖形 5I)。熒光素酶報告試驗顯示,miR-133的過表達顯著抑制野生型map3k20 3‘UTR報告者的熒光素酶活性,而當相應的結(jié)合位點發(fā)生突變時,這種抑制作用被消除。圖形 5J)。在骨骼肌再生過程中,map3k20與miR-133呈負相關,與CircFgfr2表達呈正相關(P < 0.05; 圖形 5K)。亞細胞定位分析表明,miR-133和map3k20主要分布在胞漿中,與CircFgfr2相似。圖形 5L)。同時,miR-133家族成員的過度表達導致map3k20的表達下降,而敲降則顯著上調(diào)了map3k20的表達。圖形 五米和5N)。作者觀察到map3k20的過表達能有效地逆轉(zhuǎn)miR-133模擬物對MyHC 1表達的抑制作用。圖形 5o)。此外,map3k20的基因敲除抑制成肌細胞的增殖,促進分化,與cyclcFgfr2在肌細胞發(fā)生過程中的作用相一致。圖形 S11),而在map3k20過表達(圖形 S11)。這些結(jié)果表明,CircFgfr2作為miR-133家族海綿,在肌發(fā)生和肌肉再生過程中促進Map3k20的表達。
圖5:CircFgfr2通過海綿miR-133家族成員促進Map3k20的表達
6、大體積和單細胞rna-seq顯示環(huán)狀fgfr2調(diào)節(jié)jnk/MAPK信號通路的活性
(找到了CircFgfr2實際是通過調(diào)節(jié)jnk/MAPK信號通路,來調(diào)節(jié)肌肉的發(fā)育和再生)
Map3k20是調(diào)控JNK/MAPK信號通路的上游因子之一。鑒于CircFgfr2通過海綿miR-133調(diào)節(jié)Map3k20的表達,作者推測CircFgfr2可能通過JNK/MAPK信號通路調(diào)控骨骼肌的發(fā)育。為了解決這一問題,作者首先研究了cycFgfr2過表達后增殖的C2C12細胞中多聚(A)RNA-seq的全局轉(zhuǎn)錄組的變化。與對照組相比,2798個基因在過表達cfgfr2后上調(diào)。圖形 6A, 表 S6)。富集分析表明,與細胞周期相關的GO類和與絲裂原活化蛋白激酶(MAPK)信號相關的KEGG通路,上調(diào)的基因明顯富集。圖形 S12)。MAPK信號通路的關鍵基因被上調(diào)(圖形 6B)。Rt-qPCR分析證實MAPK通路的基因在過表達cFgfr2后上調(diào)。圖形 6C)。同時,對C2C12細胞的Westernblotting分析表明,過表達過高的cyclcFgfr2可使map3k20、p-MKK7和p-JNK在兩種細胞增殖過程中表達顯著增加。圖形 6d)和分化(圖形 6E)階段。為了進一步證實crcFgfr2在JNK/MAPK通路中的調(diào)節(jié)作用,作者在注射CTX后第5天對AAV-CircFgfr2-OV處理的肌肉進行了單細胞RNA-seq(scRNA-seq)分析(10×基因組)。經(jīng)質(zhì)量控制后,共保留了67121個細胞(表 S7)和9種細胞類型通過t-SNE聚類和注釋(圖形 6f)。AAV-CircFgfr2-OV組肌肉干細胞中MyoD、Myh 4、Myf 5和Pax7的表達水平均高于對照組(P<0.01)。圖形 6g)。同時,在肌肉相關細胞類型的肌重塑過程中,過表達的cyclcFgfr2激活了JNK通路中map3k20和其他關鍵基因的表達Fig6。這些結(jié)果表明,CircFgfr2通過激活JNK/MAPK通路,調(diào)節(jié)肌肉的發(fā)育和再生。
圖6:大體積和單細胞RNA-seq揭示了CircFgfr2調(diào)節(jié)JNK/MAPK信號通路的活性
7、KLF 4目標環(huán)Fgfr2通過負反饋環(huán)
(作者提出了一種由circFgfr2介導的肌生成調(diào)控模型,該模型由Klf 4調(diào)控,作為miR-133的誘餌,以減輕其對Map3k20的抑制作用,激活JNK/MAPK信號通路。JNK信號的激活抑制Klf 4的轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)活化活性,最終在肌發(fā)生和肌肉再生過程中形成一個自我調(diào)節(jié)的反饋環(huán)。)
接下來,作者預測轉(zhuǎn)錄因子(TFs)可能與FGFR 2啟動子結(jié)合使用
Jaspar(Http://jaspar.genereg.net)。在預測的tfs中,klf 4引起了作者的注意,因為有報道說它能促進肌肉細胞的分化、骨骼肌再生。在環(huán)狀Fgfr2啟動子中存在多個可能的Klf 4結(jié)合基序。圖形 7A)。作者克隆了三個包含這些結(jié)合位點(B1-B3)的連續(xù)區(qū)域,并構(gòu)建了一系列熒光素酶報告載體。圖形 7b)。結(jié)果表明,Klf 4對B2和B3啟動子的熒光素酶活性有促進作用,但對B1啟動子(圖形 7C)。作者構(gòu)建了Klf 4過表達載體,并在蛋白質(zhì)水平上證實了其作用。圖形 S13A)。Klf 4的過表達顯著上調(diào)了線性FGFR 2 mRNA和circFgfr2的表達。數(shù)字 7D和S13A)。此外,芯片-qPCR分析表明,Klf 4能與環(huán)狀Fgfr2啟動子的B3結(jié)合。圖形 7E)。這些數(shù)據(jù)表明CircFgfr2是Klf 4的直接目標。
已有研究表明,JNK信號的激活和Klf 4的磷酸化抑制Klf 4的轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)活化活性。同時,據(jù)報道JNK/MAPK信號通路對肌源性分化有積極的調(diào)節(jié)作用。41因此,結(jié)合作者的研究結(jié)果,作者提出了一種由circFgfr2介導的肌生成調(diào)控模型,該模型由Klf 4調(diào)控,作為miR-133的誘餌,以減輕其對Map3k20的抑制作用,激活JNK/MAPK信號通路。JNK信號的激活抑制Klf 4的轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)活化活性,最終在肌發(fā)生和肌肉再生過程中形成一個自我調(diào)節(jié)的反饋環(huán)。圖形 7F).
圖7:G3BP1和Klf 4是CircFgfr2的上游調(diào)控因子
8、G3BP1調(diào)控環(huán)狀Fgfr2的生物發(fā)生
為了探討環(huán)狀Fgfr2在骨骼肌發(fā)育過程中的生物發(fā)生機制,作者分析了rna結(jié)合蛋白(rna bindingprotein,RBPs)在crcFgfr2的典型前mRNA中的可能結(jié)合位點。預測了6個可能的G3BP1結(jié)合位點,2個上游和4個下游。圖形 7g)通過catRAPID。42GTPase激活蛋白(SH3結(jié)構(gòu)域)結(jié)合蛋白1(G3BP1)被報道為一種內(nèi)源性內(nèi)切酶,通過與其同源序列結(jié)合而選擇性地靶向基因。RT-qPCR結(jié)果顯示,G3BP1的過度表達在mRNA水平上顯著上調(diào)了G3BP1的表達。圖形 S13B)和下調(diào)環(huán)狀Fgfr2的表達,線性FGFR 2C2C12成肌細胞中的mRNA和miR-133家族數(shù)字 7H, S13B,和S13C)。RIP證明,G3BP1可以通過這些推測的上游和下游結(jié)合位點,通過一種抗G3BP1抗體與環(huán)狀Fgfr 2前mRNA結(jié)合。圖形 7I)。此外,westernblotting結(jié)果表明,cycFgfr2過表達可促進成肌細胞分化蛋白的表達,這種作用可通過與G3BP1過表達載體共轉(zhuǎn)染C2C12細胞來逆轉(zhuǎn)。圖形 7J)。因此,G3BP1與CircFgfr2直接結(jié)合,并抑制其生物發(fā)生,從而調(diào)節(jié)肌肉的發(fā)育。
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