RIP檢測實驗流程
來源/作者:普拉特澤-生物醫(yī)學(xué)整體課題外包平臺
大家好!今天普拉特澤生物繼續(xù)帶大家一起學(xué)習(xí)新實驗——RIP檢測實驗,RIP檢測實驗是應(yīng)用于蛋白與RNA互作關(guān)系的重要參考,普拉特澤生物病理實驗平臺長期為大家提供RIP檢測實驗代做外包服務(wù),本文跟大家分享的RIP檢測實驗流程:
下面是一個基本的RIP實驗流程:
1. 細(xì)胞培養(yǎng):將要檢測RNA結(jié)合蛋白的細(xì)胞株進(jìn)行培養(yǎng),并保持其生長狀態(tài)。
2. 噬菌體構(gòu)建:確定目標(biāo)RNA序列,設(shè)計并構(gòu)建合適高度含量同性的噬菌體,將復(fù)制RNA序列融進(jìn)其中,成為構(gòu)建好的“靶”噬菌體。
3. 交聯(lián):利用化學(xué)方法將核糖核酸蛋白質(zhì)交聯(lián)到RNA上。
4. 提取RNA:提取交聯(lián)后的RNA樣品,對RNA進(jìn)行質(zhì)量和純度測試,并進(jìn)行相應(yīng)處理。
5. 包埋:將RNA在富含甲醛固定后包埋入瓊脂中。
6. 免疫沉淀:通過特異性抗體與待篩選的蛋白形成復(fù)合物,并借助蛋白A/G或蛋白L瓊脂糖等機(jī)制使復(fù)合物沉淀下來。
7. RNA分離:通過可逆交聯(lián)斷裂,將沉淀下的蛋白與RNA分離。
8. PCR擴(kuò)增:使用RT-qPCR、microarray或序列相分析技術(shù),分析RNA序列,并確定RNA是否與目標(biāo)蛋白結(jié)合。
9. 數(shù)據(jù)解析:對實驗過程中得到的數(shù)據(jù)進(jìn)行整理、統(tǒng)計和解釋,試圖推斷RNA與蛋白質(zhì)之間的相互作用關(guān)系。
總體來說,RIP檢測實驗需要在保持細(xì)胞生長狀態(tài)的前提下進(jìn)行一系列化學(xué)和操作步驟,并借助特定抗體和瓊脂糖將RNA結(jié)合蛋白和RNA進(jìn)行沉淀、分離和分析處理,以檢測待篩選蛋白與RNA之間的相互作用
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