RIP檢測實驗流程
來源/作者:普拉特澤-生物醫(yī)學整體課題外包平臺
大家好!今天普拉特澤生物繼續(xù)帶大家一起學習新實驗——RIP檢測實驗,RIP檢測實驗是應用于蛋白與RNA互作關系的重要參考,普拉特澤生物病理實驗平臺長期為大家提供RIP檢測實驗代做外包服務,本文跟大家分享的RIP檢測實驗流程:
下面是一個基本的RIP實驗流程:
1. 細胞培養(yǎng):將要檢測RNA結(jié)合蛋白的細胞株進行培養(yǎng),并保持其生長狀態(tài)。
2. 噬菌體構建:確定目標RNA序列,設計并構建合適高度含量同性的噬菌體,將復制RNA序列融進其中,成為構建好的“靶”噬菌體。
3. 交聯(lián):利用化學方法將核糖核酸蛋白質(zhì)交聯(lián)到RNA上。
4. 提取RNA:提取交聯(lián)后的RNA樣品,對RNA進行質(zhì)量和純度測試,并進行相應處理。
5. 包埋:將RNA在富含甲醛固定后包埋入瓊脂中。
6. 免疫沉淀:通過特異性抗體與待篩選的蛋白形成復合物,并借助蛋白A/G或蛋白L瓊脂糖等機制使復合物沉淀下來。
7. RNA分離:通過可逆交聯(lián)斷裂,將沉淀下的蛋白與RNA分離。
8. PCR擴增:使用RT-qPCR、microarray或序列相分析技術,分析RNA序列,并確定RNA是否與目標蛋白結(jié)合。
9. 數(shù)據(jù)解析:對實驗過程中得到的數(shù)據(jù)進行整理、統(tǒng)計和解釋,試圖推斷RNA與蛋白質(zhì)之間的相互作用關系。
總體來說,RIP檢測實驗需要在保持細胞生長狀態(tài)的前提下進行一系列化學和操作步驟,并借助特定抗體和瓊脂糖將RNA結(jié)合蛋白和RNA進行沉淀、分離和分析處理,以檢測待篩選蛋白與RNA之間的相互作用
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