lncRNA實驗教程
來源/作者:普拉特澤-生物醫(yī)學整體課題外包平臺
前兩篇我們總結了lncRNA引物設計的方法,以及如何根據(jù)基因檢測lncRNA等常見問題,lncRNA作為一類長度超過200個核苷酸的非編碼RNA,在細胞的生命活動中發(fā)揮著重要的調控作用。今天來學習lncRNA實驗教程,幫助大家更好地了解和研究這一神秘的分子。
鏈接奉上,那現(xiàn)在我們來接著總結:
lncRNA作為一類長度超過200個核苷酸的非編碼RNA,在細胞的生命活動中發(fā)揮著重要的調控作用。本文將為您提供一份lncRNA實驗的詳細教程,幫助您更好地了解和研究這一神秘的分子。
圖1
一、實驗目的與準備
本次實驗的主要目的是通過一系列步驟,從細胞中提取lncRNA,進行定量分析和功能驗證。在實驗開始之前,您需要準備以下物品:細胞培養(yǎng)皿、RNA提取試劑、反轉錄試劑盒、實時熒光定量PCR儀、生物信息學分析軟件等。同時,確保實驗環(huán)境潔凈,避免RNA降解。
圖2
二、細胞培養(yǎng)與RNA提取
首先,您需要培養(yǎng)適量的細胞,待細胞生長至合適密度后,進行RNA提取。使用合適的RNA提取試劑,按照說明書操作,確保提取過程中RNA的完整性。提取完成后,對RNA進行純度和濃度的檢測,為后續(xù)實驗做好準備。
圖3
●DNaseI消化:
為了去除可能存在的DNA污染,使用RNase-free DNaseI對提取的總RNA進行消化。將DNaseI反應緩沖液和適量的DNaseI加入總RNA樣品中,按照說明進行消化反應。
●cDNA合成:
使用逆轉錄酶(如Superscript III Reverse Transcriptase)將處理后的總RNA轉錄成cDNA。一般來說,反應體系包括逆轉錄酶、隨機引物、dNTPs、RNase抑制劑和逆轉錄緩沖液。按照逆轉錄酶試劑盒的說明進行操作。
圖4
●qPCR分析:
設計特異性的引物用于熒光定量PCR(qPCR)實驗,以測定lncRNA的表達水平。確保你選擇的引物能夠特異性地擴增你感興趣的lncRNA。合理選擇內參基因作為正常化控制,如GAPDH或β-actin。按照qPCR試劑盒的說明進行實驗。
四、lncRNA的功能驗證
為了驗證lncRNA的功能,您可以通過基因敲除或過表達等方法,觀察其對細胞生長、分化等生物學過程的影響。通過構建lncRNA的敲除或過表達載體,轉染至目標細胞,觀察細胞的表型變化。同時,結合其他分子生物學手段,如Western Blot、免疫熒光等,進一步揭示lncRNA的作用機制。
圖5
五、Northern Blotting分析:
進行Northern Blotting實驗來檢測lncRNA。這種方法可用于分離lncRNA,并通過膜上雜交使用lncRNA特異性探針進行檢測。這是一項相對復雜和耗時的技術,需要豐富的經(jīng)驗和專業(yè)設備。
圖6
①原位雜交:
制備lncRNA特異性RNA探針標記,例如使用放射性標記的探針(如35S或33P)或非放射性標記的探針(如熒光標記)。將探針與組織切片或細胞進行雜交,然后使用相應的檢測方法觀察lncRNA的位置和表達模式。
六、生物信息學分析
在完成實驗后,您還可以利用生物信息學手段對lncRNA進行深入研究。通過比對已知的lncRNA數(shù)據(jù)庫,分析lncRNA的序列特征、表達模式等。同時,結合轉錄組測序等數(shù)據(jù),挖掘lncRNA與其他基因或轉錄因子的相互作用關系,為lncRNA的功能研究提供更多線索。
圖7
七、實驗總結與展望
通過本次實驗,我們成功地提取了lncRNA,并對其進行了定量分析和功能驗證。實驗結果表明,lncRNA在細胞的生命活動中具有重要作用??傊敬蝜ncRNA實驗教程為您提供了一個從細胞培養(yǎng)到功能驗證的完整流程。希望您能通過本教程,更好地了解和研究lncRNA這一神秘的分子~
如果你總是在做實驗時總會遇上這樣那樣的問題需要幫助時,請記得在lncRNA實驗中遇到技術問題可添加技術微信:18570028002
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