RNA免疫沉淀(RIP)實(shí)驗(yàn)步驟流程詳解
來源/作者:普拉特澤-生物醫(yī)學(xué)整體課題外包平臺(tái)
RIP(RNA Immunoprecipitation)實(shí)驗(yàn)是一種基于抗體的技術(shù),用于研究體內(nèi)RNA與蛋白質(zhì)之間的相互作用。該實(shí)驗(yàn)通過捕獲特定RNA結(jié)合蛋白(RBP)及其結(jié)合的RNA,然后鑒定這些RNA的種類,從而揭示RNA-蛋白質(zhì)相互作用的細(xì)節(jié)下面,普拉特澤生物為廣大科研人員提供長期穩(wěn)定的番紅固綠染色外包實(shí)驗(yàn)服務(wù),普拉特特生物將詳細(xì)闡述RIP實(shí)驗(yàn)的基本步驟流程,以期為科研小白們提供一個(gè)清晰、系統(tǒng)的操作指南。
一、細(xì)胞裂解
①準(zhǔn)備細(xì)胞:將細(xì)胞培養(yǎng)至狀態(tài)良好,吸除培養(yǎng)基。
②清洗細(xì)胞:用10 mL冰冷的PBS洗滌培養(yǎng)瓶或平板上的細(xì)胞兩次,以去除培養(yǎng)基和其他雜質(zhì)。
③收集細(xì)胞:加入10 mL冰冷的PBS,用細(xì)胞刮從培養(yǎng)瓶或平板上刮下細(xì)胞,并轉(zhuǎn)移到離心管中。
④離心收集:在4℃下以1500 rpm離心5分鐘,收集細(xì)胞并丟棄上清液。
⑤裂解細(xì)胞:用與細(xì)胞等體積的RIP裂解緩沖液重新懸浮細(xì)胞顆粒,通過上下移液混合直至細(xì)胞被分散,混合物呈現(xiàn)均勻。將裂解液放在冰上孵育5分鐘,使低滲RIP緩沖液膨脹細(xì)胞。
⑥分裝保存:將每個(gè)裂解液的約200 μL分配到無核酸酶的微離心管中,并在-80℃下保存。
二、磁珠準(zhǔn)備
Ⅰ.實(shí)驗(yàn)前準(zhǔn)備:確保所有實(shí)驗(yàn)用品(如enpendoff管、磁力架、槍頭、RIP Wash Buffer等)已準(zhǔn)備好并置于冰上。
Ⅱ重懸磁珠:將磁珠重懸并標(biāo)記實(shí)驗(yàn)所需的enpendoff管,包括目的樣品、陰性對照與陽性對照。
Ⅲ清洗磁珠:每管加入50 μl重懸后的磁珠懸液和500 μl RIP Wash Buffer,渦旋震蕩后置于磁力架上,左右轉(zhuǎn)動(dòng)15°使磁珠吸附成一條直線,去上清,重復(fù)一次。
Ⅳ抗體孵育:用100 μl的RIP Wash Buffer重懸磁珠,加入約5 μg相應(yīng)抗體于每個(gè)樣品中,室溫孵育30分鐘。
Ⅴ再次清洗:孵育后,將enpendoff管置于磁力架上,棄上清,加入500 μl RIP Wash Buffer,渦旋震蕩后棄上清,重復(fù)一次,然后置于冰上。
三、RNA結(jié)合蛋白免疫沉淀
→準(zhǔn)備緩沖液:制備RIP Immunoprecipitation Buffer。
→混合裂解液與磁珠:將上一步的enpendoff管放磁力架上,去上清,每管加入900 μl RIP Immunoprecipitation Buffer。迅速解凍細(xì)胞裂解液,在4℃下以14000 rpm離心10分鐘,吸取100 μl上清液于磁珠-抗體復(fù)合物中,使總體積為1 ml。
→孵育:在4℃下旋轉(zhuǎn)孵育3小時(shí)至過夜。
→清洗:孵育完后,短暫離心,將enpendoff管放在磁力架上,棄上清,加入500 μl RIP Wash Buffer,渦旋震蕩后棄上清,重復(fù)清洗6次。
四、RNA純化
▲準(zhǔn)備Proteinase K Buffer:每個(gè)樣品需150 μl Proteinase K Buffer。
▲消化蛋白質(zhì):用150 μl Proteinase K Buffer重懸磁珠-抗體復(fù)合物,55℃孵育30分鐘。孵育完后,將enpendoff管置于磁力架上,將上清液吸入一新的enpendoff管中。
▲提取RNA:于每管上清液中加入250 μl RIP Wash Buffer,再加入400 μl苯酚:氯仿:異戊醇(125:24:1),渦旋震蕩15秒,室溫下以14000 rpm離心10分鐘。小心吸取上層水相,重復(fù)氯仿抽提一次,最后加入無水乙醇沉淀RNA。
▲清洗與溶解:用80%乙醇清洗沉淀,晾干后重新懸浮在10到20 μL的無RNase的水中,并置于-80℃保存。
五、QPCR檢測
▲配制反應(yīng)體系:根據(jù)qPCR實(shí)驗(yàn)要求配制反應(yīng)體系。
▲RT反應(yīng):將RNA樣品進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng),生成cDNA。
▲qPCR檢測:將cDNA樣品進(jìn)行qPCR檢測,分析目標(biāo)RNA的表達(dá)情況。
六、實(shí)驗(yàn)后篇章:數(shù)據(jù)分析,洞見未來
1. RNA質(zhì)量檢測與測序 對提取的RNA進(jìn)行質(zhì)量評估,確保無降解且純度達(dá)標(biāo)。隨后,可采用高通量測序技術(shù)(如RNA-seq)對RNA進(jìn)行深度分析,揭示其序列信息及可能的互作對象。
2. 數(shù)據(jù)解讀與生物信息學(xué)分析 借助生物信息學(xué)工具,對測序數(shù)據(jù)進(jìn)行比對、注釋和差異分析,識別出與特定RNA顯著互作的蛋白質(zhì)或RNA分子。結(jié)合已有文獻(xiàn)和數(shù)據(jù)庫資源,構(gòu)建RNA互作網(wǎng)絡(luò)模型。
3. 驗(yàn)證與拓展 通過體外實(shí)驗(yàn)(如EMSA、Pull-down)或體內(nèi)實(shí)驗(yàn)(如CRISPRi/a)驗(yàn)證RIP實(shí)驗(yàn)的結(jié)果,并進(jìn)一步探究互作機(jī)制及其在生物體內(nèi)的功能意義。
七、結(jié)語
RIP實(shí)驗(yàn),作為研究RNA互作網(wǎng)絡(luò)的金鑰匙,正引領(lǐng)著生命科學(xué)領(lǐng)域的新一輪探索熱潮。從精心準(zhǔn)備到精準(zhǔn)操作,再到深入的數(shù)據(jù)分析與驗(yàn)證,每一步都凝聚著科研工作者的智慧與汗水。讓我們攜手并進(jìn),在RNA互作的廣闊天地中,不斷發(fā)現(xiàn)新知,推動(dòng)生命科學(xué)向前發(fā)展!
要資質(zhì)有資質(zhì)
要經(jīng)驗(yàn)有經(jīng)驗(yàn)
要案例有案例
好,RIP實(shí)驗(yàn)步驟就介紹到這里啦~
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