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RACE實(shí)驗(yàn)優(yōu)化策略:提升實(shí)驗(yàn)成功率的實(shí)用技巧

2024-12-23 16:43:53

來源/作者:普拉特澤-生物醫(yī)學(xué)整體課題外包平臺

    今天普拉特澤生物跟大家一起學(xué)習(xí)的是RACE實(shí)驗(yàn)優(yōu)化策略,RACE實(shí)驗(yàn)優(yōu)化策略及提升實(shí)驗(yàn)成功率的實(shí)用技巧主要包括以下幾個方面:

一、引物設(shè)計與選擇

⑴?引物長度與GC含量?:

引物長度建議控制在23-28個核苷酸之間,不超過30個。

GC含量應(yīng)保持在50%-70%之間,以確保引物的穩(wěn)定性和擴(kuò)增效率。

⑵Tm值設(shè)定?:

Tm值(熔解溫度)應(yīng)大于等于65℃,若Tm值超過70℃,建議使用Touchdown PCR策略,以提高產(chǎn)物特異性。

⑶基因特異性引物(GSP)設(shè)計?:

針對同一待測轉(zhuǎn)錄本,可設(shè)計多條GSP以提高擴(kuò)增成功率。

對于較長(>10 kb)或豐度較低的轉(zhuǎn)錄本,GSP應(yīng)盡量靠近c(diǎn)DNA末端,以提高擴(kuò)增效率。

若擴(kuò)增效果仍然欠佳,可考慮讓NGSP(巢式引物)的5'末端與GSP的3'末端有5-15個核苷酸的重疊,以提高二輪巢式擴(kuò)增時的特異性。

二、實(shí)驗(yàn)操作細(xì)節(jié)

Ⅰ.?RNA質(zhì)量檢測?:

在進(jìn)行RACE實(shí)驗(yàn)前,必須檢測RNA的完整度??赏ㄟ^瓊脂糖凝膠電泳觀察RNA條帶的清晰度和完整性。

使用高質(zhì)量的RNA提取方法,盡量保證RNA的純度,避免RNA降解或污染。

Ⅱ.反轉(zhuǎn)錄酶選擇?:

根據(jù)實(shí)驗(yàn)需求選擇合適的反轉(zhuǎn)錄酶。例如,3'端的cDNA可使用MMLV酶,而5'端的cDNA則可能需要更高要求的SMARTScribe酶。

Ⅲ.PCR條件優(yōu)化?:

根據(jù)目標(biāo)基因和引物的特性,優(yōu)化PCR條件,如退火溫度、延伸時間等。

若擴(kuò)增目的片段較長(>3 kb),可適當(dāng)延長72℃的延伸時間。

Ⅴ.巢式PCR應(yīng)用?:

若上一輪PCR沒有理想的特異產(chǎn)物,或產(chǎn)物非特異條帶過多,可考慮使用巢式PCR提高克隆的準(zhǔn)確度。

巢式引物應(yīng)在原GSP的基礎(chǔ)上,往前或后移動重疊一定數(shù)量(如10bp),形成內(nèi)外引物進(jìn)行擴(kuò)增。


三、實(shí)驗(yàn)后處理與驗(yàn)證

?⑴產(chǎn)物驗(yàn)證?:

將目的序列切膠回收,并連接到克隆載體進(jìn)行測序驗(yàn)證。

比對測序結(jié)果,分析、拼接得到的序列。

?⑵條帶選擇與測序?:

若出現(xiàn)多個條帶,應(yīng)分別驗(yàn)證??筛鶕?jù)大小預(yù)測選擇可能的目標(biāo)條帶進(jìn)行回收測序。

條件允許時,可設(shè)計巢式的特異性引物進(jìn)行二次PCR驗(yàn)證。


四、其他注意事項(xiàng)

?⒈實(shí)驗(yàn)重復(fù)性?:

為確保實(shí)驗(yàn)結(jié)果的可靠性,建議進(jìn)行多次重復(fù)實(shí)驗(yàn)。

?⒉實(shí)驗(yàn)記錄與數(shù)據(jù)分析?:

詳細(xì)記錄實(shí)驗(yàn)步驟和結(jié)果,便于后續(xù)分析和問題排查。

對實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行準(zhǔn)確分析,避免誤導(dǎo)和錯誤結(jié)論的產(chǎn)生。

綜上所述,通過優(yōu)化引物設(shè)計、注意實(shí)驗(yàn)操作細(xì)節(jié)、合理應(yīng)用巢式PCR以及嚴(yán)格進(jìn)行產(chǎn)物驗(yàn)證等措施,可以顯著提升RACE實(shí)驗(yàn)的成功率。希望這些實(shí)用技巧能對你的實(shí)驗(yàn)有所幫助!

好,今天關(guān)于RACE實(shí)驗(yàn)

優(yōu)化策略

就說到這里

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